Hola. Como sabes, tengo un e46 330i. Creo que lo de loco o no loco depende del uso que le darás. Si lo ocupas harto o te preocupa el consumo, no es para ti, porque de verdad que consumen harto (piensa en unos 5 km/l en ciudad, en carretera dan más). Lo otro es que son autos que sí piden repuestos y mantenciones periódicas, los repuestos no son una locura, pero son más caros que lo habitual. Si estás dispuesto a todo eso, son exquisitos.
Respecto a la caja, creo que es muuuuuy difícil encontrar un serie 3 mecánico, excepto si es un 316i o 318i, modelos de entrada. Diría que en e90 es casi imposible encontrar uno mecánico. Y desde mi experiencia personal, que sea automático no asegura nada. A mi me falló mi caja AT al mes y medio.
Los BM 6 cilindros son exquisitos por donde se les mire. Ahora, no me atrevería a recomendarte uno a ojos cerrados, mi experiencia con la fiabilidad no ha sido de las mejores. De block son duros, pero tienen fallas tontas (accesorios, por ejemplo).
Todo depende de cuanto estés dispuesto a invertir en mantenciones y de cuál será su uso.
Saludos.