Cuando ves las fotos en la camara es como si estuvieran ordenadas en 2 carpetas, pero cuando las ves en el PC (usando el explorador del PC sin pasarlas a este) todas se mezclan, quedando por ej 2 fotos distintas con el mismo nombre ¿Es eso? Si asi es tienes que usar el programa que traia la camara, se supone que reconoce las carpetas.
Lo otro seria crear 2 carpetas en el PC, y desde la camara ordenas por fecha y copias la foto DSC-0001 a la 1º carpeta y la otra DSC-0001 a la otra. Es una paja.
En algunas camaras (o quizas es por el tipo de memoria usada) no se le puede editar nada a las fotos, tampoco renombrar, asi que IRFANVIEW no le serviria, este serivira con las fotos ya en el PC.