Con estos antecedentes, me suena a negociado asqueroso por parte del colegio (si es que se puede llamar así).
Si efectivamente es así, aplique denuncia y chao no más, a buscar colegio. No es fácil a esta altura del año, pero si estás molesto con el colegio lo vas a pasar pésimo este medio año que te queda.
Y sobre el financiamiento, yo creo que debiera ser por unidad educativa o por territorio (por presupuesto).... no por alumno ni menos por matrícula. Esto lo único que promueve, además de que los colegios se saquen los ojos entre ellos y compitan -desigualmente-, que se den estas prácticas de "alumnos fantasmas" y de andar tapando la asistencia. Si fuera un presupuesto fijo anual por colegio, creeme que todos andarían más tranquilos, trabajarían mejor y no faltaría nada... y todo esto, probablemente sin gastar muchas lucas más por parte del Estado.
Saludos.