Fredy,
Por mi experiencia en ese tema, te recomiendo no calentarte la cabeza para dejar contentos a todos. Siempre tendrás a alguien que tiene problemas porque el bus pasa lejos... después lo cambias y tienes otro con el mismo problema.
Saca una tabla dinámica con la comuna de los empleados y tiras un bus por la principal avenida de la comuna. A eso le sumas una buena estrategia comunicacional para que se entienda que es un beneficio y no una obligación ir a buscar a la puerta de la casa a todo el mundo.
Después un mapa gigante de todo Santiago y te sientas con el proveedor para calcular la ruta. Ojo en este punto, porque estos wns son repillos y te dicen X KM, pero si la ruta la haces tu, resulta que eran menos KMs jaja... Si hay alguien a quien NO te recomiendo para este tipo de servicios, es AHUMADA, una shit!... te venden la pomada con que estan certificados por la ISO no se cuanto, que tienen control de flota GPS, que te envían reportes de atascos, rutas, velocidades, pero nada funciona y eso que le pagabamos todos los meses 35 palos. Los buses pencas, los choferes puros shoros (una vez tuvimos que retener a un conductor porque llegó borracho y con la bandera de la U en la ventana y con el bus lleno de empleados cagados de miedo)... el estacionamiento parecía el taller mecanico de Ahumada con todos los buses en panne que tenian botados ahi... puros dolores de cabeza esa empresa.