Lo que pasa es que aquí confluyen 2 cosas.
Por un lado está el tema penal, por un lado la clonación de la patente, que generalmente vendrá de la mano con algun delito de receptación de vehículo, por lo que se hace largo.
Por otro lado está el cacho de los partes, que es policía local.
Con eso presente, el tema lo tienes que abordar por separado.
La fiscalía no te va a ayudar con el tema de los partes, pero lo que podrías hacer es ir con la denuncia a policía local, pedir la respectiva audiencia con el juez/secretario/funcionario y explicar la situación. Si tienes algo que acredite que ni tú ni el auto estaban en Santiago, mejor aún.
Ahora, mientras el SEBV no pille al auto que anda con la patente, vas a seguir en el forro.
Y ojo (y aquí me estoy poniendo terrible paranóico, pero podría pasar), si vendes el auto con este cacho pendiente, después te puedes ganar un forro tú en sede civil, porque estás ocultando una condición del auto que puede, luego, turbar el dominio o el uso del auto por parte del nuevo dueño.