Tienes que conseguir un certificado del banco que hizo el protesto y otro del que cobro el cheque (Declaración jurada) señalando que le pagaste el cheque, con ambos papeles concurres al boletin comercial a aclararlo.
Para mayor abundamiento:
Aclaración de Cheque extraviado:
Cuando se ha extraviado el Cheque original, el beneficiario del cheque deberá extender una declaración jurada ante Notario, en la cual se incluya:
Nombre y Rut del Acreedor (nombre de la persona, natural o jurídica que recibió el documento o de quien efectuó su cobro).
Nombre y Rut del afectado por la publicación.
Monto del documento, número de serie y fecha de protesto.
Indicación de que el documento fue pagado, o de que existe un acuerdo de pago.
En caso de que el beneficiario del documento sea una persona jurídica, dicho certificado deberá ser extendido por el representante legal de la misma y el Notario debe dejar constancia de la representatividad del firmante:
"Autorizo la firma de ___ en representación de _____, según consta de escritura pública otorgada con fecha ___ en la Notaría ___, que he tenido a la vista."
Además, deberá solicitarse al Banco donde el Beneficiario efectuó el depósito del cheque, o al Banco donde se efectuó el cobro del cheque POR CAJA (ventanilla), un Certificado indicando que el cheque protestado (Número de serie, monto y fecha de protesto) fue presentado a cobro (depositado) y señalando el nombre de la persona natural o jurídica que realizó el cobro (tenedor del documento).