no puede ser, es solo percepcion. la grabacion original digitalizada viene en formato wav, por lo tanto que se escuche mejor no e sposible, en el mejor de los casos se escucha igual. Si pensamos que es un formato comprimido lo mas logico seria una perdida de calidad, perdida inferior a mp3, acc, wma y toda slas otras pero perdida al fin y al cabo, por eso que se escuche igual seria muy bueno.
Si hablamos de grabar desde un vinilo directamente a formato wav, y desde el mismo vinilo directamente a formato flac podriamos ver si hay diferencias, pero en la practica no haras eso me imagino, estas sacando temas del computador ya sean copias de cd's originales o temas que ya estan en la red digitalizados.