A ver:
Si cambias por una caja de la misma generación del auto no deberías tener problema, la campana es la misma. Los ojales de montaje también, sólo podría variar en algo la posición de los soportes pero eso se hace y se adapta. La pedalera se insta completa una del mismo auto manual, la consola de la palanca también se consigue. Si se saca de un auto AWD ojalá de la misma cilindrada entonces funciona igual el AWD salvo que sea con acople viscoso, ahí la adaptación no se como se hace, son distintos en ambas cajas.
Ahora el único drama que podrías tener sería de electrónica, la ECU de ese auto esta hecha para conversar con la EAT4, por lo tanto podría dar algunos dramas de funcionamiento y luces raras.
Yo personalmente si el auto fuera mío lo que haría es mandar a reparar BIEN esa caja, la cual es súper sólida y sólo muere por falta de mantencion o uso orangután, y ni aún así muere.
Mientras más original el auto mejor, así no tendré dramas de padrón, dramas estéticos, de funcionamiento o suspicacias al venderlo.