En un video de subaru, vi que usaban un "respaldo" mientras cambiaban la batería, para que no se resetee nada.. que maravilla! deberían tener una de esas en todos los locales donde vendan baterias 
Hola!
Este mismo tema lo conversé en un foro hace varios años con un asesor de servicio de Audi en EE.UU, y la conclusión era que hacer eso es un gran error. En general, las cosas que se pueden resetear, simplemente se adaptan solas o con un procedimiento sencillo. Por otra parte, existe una posibilidad cierta de que, por intentar conectar una batería a un auto que está energizado, produzcas chispas o cortocircuitos por contacto accidental de cables al manipular la batería, etc. que terminen generando un daño mucho mayor. Este riesgo es aun más alto en autos que tienen la batería en lugares de difícil acceso.
En otras palabras, por tratar de evitar un problema super menor (y muchas veces inexistente) puedes terminar afectando seriamente componentes caros del auto, como quemar un módulo, por ejemplo.
En más de una oportunidad al cambiar de batería me han dicho que lo hacen de esa manera y expresamente me he negado. Incluso uno me dijo que lo hacía como yo pedía (sin respaldo ni nada), pero que era "bajo mi responsabilidad" si después algo no funcionaba en mi auto. Le dije que lo hiciera nomás, total en el peor de los casos, tenía scanner y anotados los procedimientos de relearning de todo lo que según ellos podría "desconfigurarse". Cambiaron la batería y, como era de esperar, no tuve ningún problema.
Saludos!