Pipe, dices que corriste la pieza bien adentro, siendo que con unos 3 o 4mm debería ser mucho mas que suficiente.
A veces cuando los portalones se abren muy brusco hasta el tope superior se termina doblando la lata en el sitio de anclaje de la bisagra, lo cual podría alejar la puerta, fijate en eso, si asi fuera entonces una solucion parche podría ser pegarles a las bisagras en el lado que van soldadas al auto con un martillo de cabeza de nylon, para así acercarlas 1 o 2mm, no mas.
Lo otro, en los autos que llevan 2 a,ortiguadores en el portalón trasero es recomendable cambiar los 2 al mismo tiempo, aunque uno solo esté fallado, si no se hace entonces la puerta hará fuerza desigual y cerrará medio chueco con ruidos. Revisa eso mas el apriete de la chapa del portalón y las bisagras.
(No conozco el Maruti, pero no debe de ser muy distinto al portalón de cualquier hatchback)