Esa es la estafa... deberian usar el precio costo, mas costo de produccion, distribucion y margen de ganancia, mas iva y el maltido impuesto especifico.. pero al usar valores de referencia se puede manipular al antojo de cualquiera.
Solo en Chile la parafina es mas carga que la bencina. 
Los valores de referencia son internacionales y públicos, lo más lejos de algo manipulable por algún chileno, mucho menos manipulable que un precio de compra real donde pueden haber por ejemplo comisiones, descuentos encubiertos, arreglos de precios, etc, etc.
Cómo se construye el precio de referencia: las consultoras usan las transacciones grandes (donde las transacciones a Chile son pequeñísimas) en determinado mercado (o puertos en este caso) para un determinado periodo. Pueden ser manipulados, si claro por los grandes brokers y compañías productoras que mueven mucho volumen y adelantando o atrasando embarques o poniendo precios especiales pueden mover los precios de referencia...acá en Chile simplemente miramos.
Porqué se usa el Golfo, porque es el mercado natural de importación de Chile con disponibilidad "ilimitada", es decir el precio más común al que se va a acceder, usualmente los productores venden a este precio independiente de donde venga, por qué? porque aunque traer de Africa salga más caro si te lo venden más caro entonces el comprador va a comprar en Golfo, ahí el vendedor se adapta, lo mismo al revés, traes de Argentina con un flete barato pero el vendedor te cobra lo mismo o "casi" que si lo trajeras del golfo para asegurarte le compres...nuevamente especulación puede haber pero del lado de los productores (y hay algunos en el mercado retail acá)
Tema relevante, recuerden que en Chile hay Libertad para importar y también hay libertad para poner los precios, el precio de Enap es solo el que venden ellos.
Para poner un ejemplo acorde al foro, piensa que estás comprando un Toyota, el vendedor te dice sabe estoy comprando super caro por lo que el precio que le ofrezco es tal. Otra forma sería que tuviera que usar el precio promedio de las exportaciones japonesas para ese modelo y a eso sumarle el costo de traslado, utilidad del concesionario etc. Cuál es más transparente y menos manipulable?
otra pregunta, es el mejor precio? puede que no, quizás el gerente de Toyota en Chile es excelente negociador y a pesar de ser un mercado chico consigue que le pasen los autos a un precio menor al promedio de las ventas mundiales, pero también puede ser al revés

el punto es que si se quiere ver por transparencia la otra forma es mucho mejor.