Acá tienes varios problemas, que no son de responsabilidad de quien te vende.
Sobre lo de la emisión de factura... claro que deben anular la compra, pues hombre!!!
Lo que pasa, es que no se hizo ninguna campaña de información sobre que ahora todo comprobante de Transbank es considerada boleta.
Por lo tanto para que se te entregue factura, deben anular la compra y su boleta, recuperar el vocher, emitir la factura... en fin... otro cachito más de los grandes pensadores del S.I.I. (harina de otro costal, en todo caso).
Sobre el cargo duplicado, exclusiva responsabilidad de Transbank, pues hombre!!! con quién tienes tu contrato de utilización de tarjeta? con Falabella, con Sodimac, con el almacén de don Pedrito, con la caja vecina??? no po, Transbank debe responder. Y como te indican, responden rápidamente. En la noche; hay un ciento de pericos trabajando en cuadrar todas las cuentas del día.
No esperes que por ser en línea todo sea instantáneo o intuitivo. Hay seres humanos detrás de cada operación; y claro... hay errores.