¿Cómo así, qué pega te ahorras usando Linux en vez de Unix por ejemplo? Pregunto de curioso.
Sobre las licencias, esperen que se masifique como corresponde. 
ahorro por ejemplo si tengo que montar un server de archivos , me ahorro como 400 lukas en una licencia de windows server instalando una maquina linux con samba y ftp
si tengo que montar un servidor web , lo msimo pero con apache o con un server de correo.
me ahorre varios palitroques en liciencias de office ocupando open office (60 equipos * 360.000 app c/u) eso si sobre windows pk habian un par de sw que no se podian emular aun asi windows es mas barato que office pro ... me ahorre de comprar photoshop usando gimp (esto me paso en un caso) fue curiosos pk se instalo gimp en una maquina con windows mientras se gestionaba la licencia de PS ... cuando teniamos lista para comprar la licencia el usuario dijo "ahh ya me acostumbre dejame con este no mas"
he ahorrado en liciencias de clientes de win server pk no uso win server , etc y asi sucesivamente , y aunque la mayoria de los ahorros se producen en el entorno servidor , en el entorno cliente igual se da.
saludos