Hola:
Lo primero es hacer el reclamo a través de la página web, indicando que desconoce el tránsito. Luego de eso es probable que revisen las fotos y te van a contestar para pedir que les envíen fotos del vehículo que tienen desde varios ángulos (frente, costado, parte superior, etc.) Con eso harán las comparaciones y decidirán, si es error de lectura de patente van a absolver el cobro. Si es la misma patente pero no coinciden los datos, te lo informarán, y ahí recién es mejor que hagas la denuncia por clonación de patente.
Si la respuesta que te entregue la autopista no sea satisfactoria, puedes reclamar en el MOP y ellos pedirán los antecedentes para zanjar el tema (es como el sernac por así decirlo).