Yo creo que es bonito aprender en un mecánico, básicamente porque te compenetras más con el auto, hay un diálogo constante con la transmisión.
Pero por otro lado, el auto manual hay que practicarlo, yo hice el curso en un auto manual y di la prueba en un auto manual y sinceramente no era muy diestro al principio, a veces trataba de salir en tercera o bajaba a tercera cuando quería meter la quinta.
Suena a torpeza, pero lo cierto es que uno es bastante torpe al comenzar a manejar (sobre todo cuando aprendes más de viejo, como yo) andas preocupado de muchas cosas que luego automatizas, te falta cierta dosis de confianza que es super útil.
Creo que si no agarras nunca más un auto manual, aprender en uno manual no te supone nada más que tener conocimiento de la teoría con un poco de práctica.
De todos modos si pudiera dar un consejo, sería aprende en un manual y en un automático, dale una oportunidad a tu curva de aprendizaje de enfrentarte a ambas transmisiones y así vas a tener más herramientas para entender un auto, afinar el oído al sentir el motor, involucrarte en la operación de la máquina y por qué no, disfrutar de la posibilidad de tener un control más absoluto de lo que hace el auto.