A mí me pasó algo similar con mi empresa. Tuve que contratar abogado y nuevo servicio contable para salir adelante.
No es fácil el proceso y deben hacerse al menos 4 documentos (asamblea extraordinaria, finiquito mutuo, compraventa de acciones y finiquito laboral). Los tres primeros deben tener reducción a escritura pública y se hacen con abogado. Probablemente el socio que se retira va a intentar sacar plata por todo lo que se le ocurra.
Después de eso tienes que ir al SII a informar el cambio de socios y representantes, lo mismo en tu banco. Si se pagaban sueldos informar en previred.
Necesitas un abogado que lleve la negociación por tu parte o te pueden cagar muy fácilmente.
Todo el proceso me costó tres meses para el olvido y 3.6 millones en asesoría legal y contable. Armarse de paciencia para pasar rabias, no te va a quedar otra.
CONSEJOS:
Si tu socio tiene acceso a las cuentas de la empresa, resguarda todo en depósitos a plazo a nombre de esta misma hasta que termine el proceso. Los tiempos son muy importantes, seguramente tu socio también se va a asesorar legalmente. No aceptes nada ni de palabra ni por escrito (o mail).
Ojo con los sueldos e imposiciones. Cuentas congeladas significa sin tocar un peso hasta que se firmen los documentos.
Mucha paciencia y sin desesperarse, mente fría, cuesta muchísimo por que es tu negocio, tu pega, tu vida. Tiene solución, no te va a salir barato, pero la tiene.