La caja por si sola engancha para ir complementando a los frenos, sin embargo, si tu quieres, puedes pasarla a modo manual y usar el cambio que mas estimes conveniente de acuerdo a como ves las condiciones del camino. No hay que olvidar que por muy inteligente que sea la caja, a diferencia de ti, no puede "ver" lo que viene mas adelante, por lo que solo reacciona ante lo que está sucediendo en el momento, por lo que es muy posible que, si ves que te acercas a una curva, quieras enganchar manualmente antes de entrar a ella, o antes de tener que usar el freno (o derechamente quieres entrar enganchado y sin usar freno), o simplemente quieres bajarla en modo manual porque si... Para eso debes hacer exactamente lo que hiciste, pasar a modo manual y elegir el cambio que estimes conveniente. Ninguna caja automática en un auto de calle "normal", medianamente moderno (digamos de este siglo) te va a dejar hacer algo que le haga daño al motor. Si el cambio que intentas poner deja el motor fuera de su rango seguro de rpm, simplemente no te va a hacer caso y va a llegar al cambio más cercano en que las rpm del motor sigan siendo seguras.
Por otra parte ¿por qué le tienes miedo a llegar a 4000rpm? aun tienes mucho rango seguro de revoluciones para usar y no estas causándole ningún daño al motor. De hecho, los motores agradecen de vez en cuando ser usados un poco mas exigidos... si para eso fueron diseñados!
Que tu auto habitualmente ande bajo las 2.000 rpm en ciudad responde exclusivamente a consideraciones de diseño que apuntan a mantener el menor consumo de combustible y el mayor confort de marcha, lo que no significa que el motor no ande perfectamente bien a 5.000 o 6.000 rpm., ya sea en bajadas, subidas, plano, etc.
Saludos!