Primero, me llama la atención cuando se compara la capacidad de la batería en Amperes-Hora (Ah) con la capacidad máxima del generador que son simplemente Amperes (A). Me suena como comparar un estanque de 50 litros con una llave de agua que entrega 50 litros por minuto. Si hablamos de Amperes a secas, cualquier batería ordinaria es capaz de entregar cientos de Amperes.
Luego, no me queda claro que una batería cuya capacidad en Ah sea mayor, tenga mas problemas al descargarse sobre el sistema, puesto que el generador trabaja con una tensión superior a la nominal de la batería y además produce una corriente que normalmente sobra para abastecer todos los consumos del auto. De esta forma, la batería estará recibiendo carga prácticamente siempre.
En todo caso, esto es relativo y nuevos sistemas cambian un poco el asunto. Por ejemplo, en el Chevrolet Cruze, existe un sistema que detecta si la batería está cargada y en ese caso, prácticamente no desvía corriente hacia ella y la mantiene a un voltaje de cerca de 12.8 volts, que es cercano al de la batería en reposo. Cuando la batería baja su carga, el sistema lo detecta y procede a cargar con un voltaje mayor, pero lo hace preferentemente en los instantes en que se suelta el acelerador. De esta manera logran reducir el consumo de combustible en cerca de un 1.5%.
Ahora, respecto a la consulta de Goku01, diría que si tienes constantemente una carga eléctrica muy elevada (por la radio u otros) y el generador no es suficiente para soportarla a las RPM normales del motor, entonces el sistema acudirá frecuentemente a la batería, descargándola. El poner una batería mas grande solo retardará el instante en que esta se descargue. En ese caso, lo lógico es cambiar el sistema de generación (o usar menos la tremenda radio). En todo caso, una batería de mayor capacidad (fijate mas en el valor RC que en los AH) permitirá usar la radio mas rato con el motor apagado, antes de quedarse sin carga.