Lo que se evalúa es como se desenvuelve en la via publica alguien en un auto, onda, si respeta las normas, a los demás, las seguridades, las velocidades permitidas, asdfg. Ahpra, si eso es AT o mecánico da igual, si maneja el MT con la pata constantemente en el embrague tambien lo dejan pasar.
No veo que sea un problema, ni que esté mal, de hecho, si pasa un examen práctico con automático, dudo que después salga en un mecánico sin saber bien, se acostumbran a la comodidad y facilidad, por lo que incluso una restricción o anotación en la licencia me parece musho lusho.