Una batería mientras más se descargue presenta menor resistencia interna, en otras palabras es prácticamente un cortocircuito si la descarga es demasiado profunda, y dado el caso puede no recuperarse y no salir de ese estado. Por lo mismo no es muy recomendable confiar solamente al alternador una recarga "desde cero", por ejemplo te hacen puente y desconectas inmediatamente luego que tu auto parte, sobre cargas de una manera enorme al alternador por lo que podría fallar luego de hacer esa maniobra de manera repetitiva, en ciertos casos es preferible usar un cargador externo de carga lenta. En tu caso puede ser que estaba bien conectado, pero con las pinzas puestas en lugares sucios de los bornes, o tomados haciendo contacto con una superficie muy pequeña; lo que te recomiendo es que cuando hagas esa maniobra muevas las pinzas de manera que éstas raspen a los bornes o a la superficie que los pongas, para limpiarlos. Cuando se hace contacto con una superficie muy pequeña o sucia, ese contacto se vuelve resistivo por lo que al intentar circular demasiada corriente por una superficie pequeña/sucia, se generan temperaturas altísimas.