Si la marcha entra sin problemas al manejar suave no creo que sea problema de regulación de embrague. El que la marcha entre con ruido a altas velocidades, indica que probablemente el sincronizador de esa marcha no está funcionando tan bien.
¿Se hizo algún cambio de aceite a la caja recientemente?. A veces, aceites incorrectos hacen que los sincronizadores no funcionen bien o incluso se desgasten mas de la cuenta.
En todo caso, para que no suene la tercera al bajar de marcha como dices, puedes pisar levemente el acelerador mientras embragas, lo que alivia el trabajo del sincronizador. Aún cuando no haya problemas de ruidos al bajar de marcha, adoptar esta costumbre permitiría extender la vida de los sincronizadores.