En realidad, no es que no se pueda alinear porque los neumáticos estén gastados muy irregularmente (posiblemente costados interno o externo). El problema es que la "pisada" después de alinear seguirá siendo incorrecta y probablemente esto hará que el auto "se cargue" hacia algún lado, aún cuando los ángulos estén dentro del rango correcto.
Si los neumáticos están muy gastados y mas encima en forma irregular, es posible que ya haya alguna parte de la banda de rodadura sin dibujo o con dibujo muy leve, lo que ameritaría el cambio (sobre todo ahora que nos acercamos al invierno).
Si los neumáticos todavía tienen dibujo suficiente en toda la banda y son de una calidad que valga la pena, yo diría que un alineamiento seguido de una rotación podría ayudar, al menos, a que esos neumáticos no tengan una muerte tan prematura. Eventualmente podría ayudar que se inviertan los neumáticos en sus aros para producir un desgaste contrario al anterior (ojo que si se trata de neumáticos direccionales, los cuales indican su sentido de giro en el costado, no se debe invertir este).