El concesionario en ningún caso te va a decir: "usted está sin garantía porque abrió el tapiz de la puerta".
Tampoco va a poner problemas en aplicar la garantía (siempre que estés al día en las mantenciones con ellos) si falla algo en otro lado, por ejemplo en el motor, frenos, etc. Pero ten por seguro que si falla algo que tenga una remota relación con el trabajo de en las puertas (alzavidrios, cierre, etc), se van a agarrar de eso para no pagar alegando "intervención del vehículo por personas no autorizadas".