Entiendo que quieres hacer una aplicación web.
Va a depender de la complejidad, pero si es básica / media, te aconsejo hacerlo en PHP. Puedes codificar en Windows, probar incluso en Windows, y luego subir a Linux sin ningún problema.
Como servidor, te recomiendo Apache para que no tengas virtualmente ninguna diferencia entre Windows y Linux. Y bajar obviamente el intérprete de PHP desde su web oficial.
Ahora, si es más complejo recomendaría ASP.NET, asumo que hay intérpretes para Linux.