Debe mencionarse que el hecho de que se haya llevado a alinear no necesariamente significa que haya terminado alineado. Esto ocurre porque muchos autos no poseen los mecanismos para ajustar todos los ángulos de las ruedas.
Ahora, si suponemos que todos los ángulos de las ruedas (incluidas las traseras) están dentro de tolerancia y los componentes de la suspensión (articulaciones, resortes, amortiguadores, etc) están buenos, aún quedan algunas causas que podrían hacer que el auto se cargue hacia un lado, por ejemplo neumáticos distintos en cada lado, con diferente presión, diferente desgaste o disparejo.
Puedes partir probando si cambia el problema al cambiar de lado los neumáticos (solo si los neumáticos son no-direccionales).